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横裂甲藻亚纲的藻类鞭毛着生于腹部，自横沟和纵沟相交处的鞭毛孔伸出1条横沟鞭毛和1条纵沟鞭毛，横沟鞭毛为茸鞭型，做波状运动，使细胞旋转；纵沟鞭毛为尾鞭型，做鞭状运动，使细胞前进，所以运动方式为旋转式前进。